西藏藏医学院前身系西藏藏医学校（中专）和西藏大学藏医系，1989年9月成立西藏大学藏医学院，1993年2月经国家教委批准独立设置为西藏藏医学院。从此，藏医药高等教育正式列入全国普通高等教育的序列，是国内外第一所独立设置的培养高层次藏医药专业人才的高等学府。

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