在一般纳税人的进项税额当中，运费抵扣的进项税额占一定比例。在实际检查工作中，利用非法扩大运费抵扣进行偷税的案例也较为多见。由于运输发票制造、领用、填开、使用、保管等不同于增值税专用发票，为此，应把对一般纳税人运费抵扣项目的检查作为防止偷税的一道重要关口。检查一般纳税人运费抵扣可从以下几方面入手：
检查运输发票的合法性，审核是否将非运输单位开具的发票、运输免税货物或非应税项目货物的发票，以及不属于抵扣范围的其他种类的运输发票进行了抵扣。如有此类情况，应将进项税额转出，补缴增值税。
检查发票内容的真实性、合理性。即检查货运发票，其发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运输金额、运输里程等项目的填写是否齐全，并与购货发票所列的有关项目进行核对，看是否相符，如果存在问题，进项税额不应抵扣;如果以上内容符合要求，再根据填写内容，将运费金额与运输货物的数量、价值、运输距离相比较看是否符合市场行情，如存在问题，进一步查清实际情况，判断进项税额能否抵扣。
检查运输专用发票的抵扣时间。根据国家税务总局《关于加强增值税征收管理工作的通知》第二条第一款、第二款的有关规定，工业生产企业购进货物必须在购进的货物已经验收入库后，才能抵扣税额;商业企业购进货物，必须在购进的货物付款后，才能抵扣税额。如果不符合以上规定，其运费的进项税额不能抵扣。
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