在劳动合同制度基本建立之后，为什么劳动合同管理工作中会出现这么多问题，其原因是多方面的。概括起来主要有以下几点：第一，思想认识不到位，法律意识不强。在国有企业，部分管理人员认为签订了劳动合同就万事大吉，完成任务了;在非国有企业，不少管理人员不清楚劳动合同管理应该管什么、怎么管，其中，还有部分私营企业主、雇工的个体工商户不知道《劳动法》以及劳动合同制度的基本内容，甚至有个别人故意无视《劳动法》等。这种状况，必然严重影响劳动合同管理工作的开展。
第二，企业加强劳动合同管理工作中的内在动力和压力不足。这主要是由于国有企业中签订无固定期限劳动合同的人数多，人员流动比例小，加之相当数量的企业没有把劳动合同与职工的劳动岗位、责任、业绩、考核、工资待遇等紧密联系起来，未发挥新型用人制度的激励机制的作用，企业感受不到加强劳动合同管理的好处。此外，由于部分职工依法保护自己合法权益意识不强，没有或不敢对企业加强劳动合同管理提出明确要求。
第三，企业落实劳动合同管理工作确有一些实际困难。主要是部分困难企业反映：如认真管理劳动合同，依法解除和终止劳动关系，企业将无力支付经济补偿金或清偿企业欠职工的债务。此外，一些企业基础管理工作薄弱，管理人员素质不高，也影响了劳动合同管理工作的开展。
第四，劳动合同管理工作的法规、政策尚不健全。《劳动合同法》至今还没有出台，有关劳动合同管理的具体政策规定还不够系统，特别是劳动合同签订、变更、解除、终止各环节的具体要求和程序还不是很清晰，致使企业开展劳动合同管理工作时缺少遵循的依据。
第五，劳动监督检查力度不够。由于劳动保障部门劳动监察队伍力量不足，需要监督检查的任务又很多，没有足够的人力、精力逐户对企业劳动合同管理情况进行执法检查;加之现行法规对劳动合同管理工作方面存在问题规定的经济处罚力度不大，故而难以全面纠正企业有关违法行为。
令人不安的是，上述劳动合同管理工作中存在的问题，已经并正继续造成许多不良后果：直接影响下岗分流工作的深入推进。目前，由于劳动合同管理工作跟不上，仍有部分下岗职工进再就业服务中心后未按规定签订基本生活保障和再就业协议、未明确3年后解除劳动关系;通过各种渠道实现再就业的下岗职工中，大多数人没有依法与企业解除或终止劳动关系，致使下岗职工长期滞留在企业中。
不利于协调劳动关系，容易引发劳动争议。一方面，部分企业不与职工签订劳动合同，或劳动合同没有具体明确双方的权利和义务，致使协调劳动关系失去了依据，同时也造成了大量的劳动争议隐患。另一方面，部分企业不履行或违反劳动合同，引发了大量的劳动争议。据统计，1998年全年劳动争议案件9.4万件，其中60%以上是由于不履行或违反劳动合同约定条款而引起的。
严重阻碍了劳动合同制度应有作用的发挥。由于企业劳动合同管理工作制度大都不健全，缺乏对劳动关系变化情况的动态管理，劳动合同的履行又没有与职工技能、业绩、考核、使用、待遇等紧密联系起来，致使无法发挥劳动合同制度新机制的作用，不能形成职工能进能出、岗位能上能下、工资能多能少的新格局。长此以往，将会使劳动合同制度形同虚设，失去生命力。
不利于劳动关系双方主体地位的全面确立。由于劳动合同管理主体缺位或离位，职工没有或不敢对规范劳动合同管理提出明确要求，致使劳动关系双方不能具体明确并认真履行各自的权利和义务，无法逐步做到自主、自觉依法协调双方关系，也无法实现由劳动关系自在主体向自为主体的转变。其后果，必将阻碍劳动力市场的发育完善，影响社会主义市场经济体制的建立健全。
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